工资进行二次分配，公司有自主权的．不违法的。
一、什么是初次分配
初次分配指国民总收入（即国民生产总值）直接与生产要素相联系的分配。任何生产活动都离不开劳动力、资本、土地和技术等生产要素，在市场经济条件下，取得这些要素必须支付一定的报酬，这种报酬就形成各要素提供者的初次分配收入。主要包括居民提供生产要素所得报酬收入，利用国家权力对货物和服务的生产和再生产所征收的生产税和进口税形成的初次分配收入，企业在扣除其固定资产消耗和其他运营成本及税收后的净营业盈余形成的初次分配收入。初次分配主要由市场机制形成，生产要素价格由市场供求状况决定，通过税收杠杆和法律法规进行调节和规范，一般不直接干预初次分配。
二、什么是二次分配
二次收入分配，也称为国民收入的再分配；主要是发生在就业者（包括雇主和雇员）与非就业者（包括已经失去劳动能力者和作为就业者边缘群体的失业者）之间。再次分配是指经济主体不必直接通过劳动而可依法获得的收入，如退休工资、（的）退休金、失业补贴等；或是国家或其他经济主体自愿的资助。把功能收入中的一部分拿出来通过税收和社会保险系统进行重新分配，构成了初次收入分配之后的二次收入分配。
